Функции СЭС многообразны и включают в себя контроль за соблюдением санитарных и гигиенических норм и правил, проведение профилактических мероприятий, а также наблюдение за состоянием здоровья населения. СЭС занимается контролем за качеством питьевой воды, воздуха, почвы и продуктов питания, проводит мероприятия по предупреждению и ликвидации вспышек инфекционных заболеваний.
СЭС работает в тесном взаимодействии с другими организациями и учреждениями в области здравоохранения.